Calico Life Sciences在单细胞单点位分辨率下揭示酪氨酸因子活动

高效的演算法以及同时系统性细胞内和DNA 调节数列的特功能性，scBasset 是一个极为具备原创功能性的系统性工具，它有潜质视为 scATAC 系统性的极其重要，用来系统性单细胞内调节高通量文档，以及用来理解遗传物质的调节密钥。”

对于研究课题意在，袁瀚透露：“最开始有这个点子，是我和我分管亚当·帕克对于当时 scATAC 系统性新方法一些省思。”

当时常用的系统性新方法都是依靠细胞内两者之间的相似功能性，来对 scATAC 文档展开数据分析自适应，但这但会忽视 DNA 数列的作用。病理学知识告诉我们，核糖仅有站周围一般都是激活变异的 DNA 结合点位，而激活变异和 DNA 的结合是有特异功能性的。

哈佛所学校期间，袁瀚在美国斯隆·凯特琳学院计数与系统病理学系克里斯蒂娜·莱斯利（Christina Leslie）研究工作团队的管理工作，正是依靠形式语言处理方式的一些新方法假设激活变异的 DNA 结合点位。

而亚当·帕克在 2015 年的发表篇名的篇名，也验证了用 DNA 数列假设核糖仅有站周围的不切实际功能性。“先前的这些管理工作，让我们坚信这是一个不切实际的研究课题方向，于是就订出了比起明确的研究课题开发计划。”他说是。

课题的很重要的一个部份是设立合理的三维指令集，该工作团队发现先前的 CNN 三维这样一来用在单细胞内文档上但会造成过匹配的情况。为解决该问题，其充分体现了其他工作团队依靠瓶颈层展开去褐和防止过匹配的点子，结果发现效果很好。

为了将三维运用于去除SP现像的执行，课题组尝试了多种有所不同新方法。终于，他们通过调整三维指令集，依靠额外的仅有联接层假设SP现像的阻碍，达到了将病理学文档与SP现像分开的意图。

而为了说是明 scBasset 在单个遗传物质点位，对于激活变异户外活动的说明了，该工作团队需要看到一些明确的事例。受到朋友的着迷，他们忘了可以把遗传物质座控制区（Locus control region）作为事例。这个点位是最早被发现的增强子之一，也是控制 β-酪氨酸遗传物质细胞内特异功能性理解的极其重要数列。

“我们依靠 scBasset 对造血拓线粒体文档集展开系统性，并且在 LCR 点位成功假设到极其重要的激活变异户外活动。正是这个事例让审稿人了解到到了 scBasset 的潜质。”其透露。

终于，为了验证 scBasset 新方法的普适功能性，该工作团队依靠到许多有所不同的单细胞内文档集，并依靠 scBasset 展开系统性。同时，也与许多其他的新方法展开比起。

由于单细胞内系统性是一个发展极为急剧的领域，每天都但会有许多原先新方法和原先三维的提出。因此，这一阶段也耗时最多。

袁瀚透露：“这个课题的成功极为大以往上表示感谢 Calico 公司对于基础研究课题以及演算法开发设计的默许。另外，我的分管亚当·帕克对于新方法创原先的勇气对我有极为大的阻碍。”

该工作团队的不足之处开发计划，包括进一步提升 scBasset 演算法的效率。在提升三维的灵敏度上，需要将三维在大量文档上展开未及训练，然后再进一步依靠迁移深造的新方法，在原先的文档集上展开微调。此外，袁瀚也开发计划依靠多种有所不同点子，对单细胞内遗传物质理解和核糖可及功能性文档展开结合。

概要：

1.Zhou et al. 2015, Kelley et al. 2016

2.Yuan, H., Kelley, D.R. scBasset: sequence-based modeling of single-cell ATAC-seq using convolutional neural networks. Nat Methods (2022).

3.

。

功能神经外科
八子补肾胶囊可以抗衰老吗
唱歌喉咙痛吃什么药
阳了要吃什么药
用什么眼药水可缓解眼睛酸胀痛